Aktorka najpierw uważała, że poronienia były karą za aborcje, którym poddawała się jako 21-latka. Później, gdy dwukrotnie została mamą, bała się, że jakieś nieszczęścia mogą spotkać jej syna Milo i córkę Elizabellę, w następstwie jej "grzechów" z przeszłości. Takie wyznanie poczyniła Alyssa Milano w rozmowie z autorką podcastu "Me Becoming Mom".

Dalekowschodnia filozofia karmy, do której się odwoływała, to założenie, że wszystkie pozytywne i negatywne uczynki, jakie zrobimy, powrócą do nas pod inną postacią. Milano musiała przejść psychoterapię, by uwolnić się od takiego myślenia.

W 2019 r. w swoim podcaście "Alyssa Milano: Sorry Not Sorry" artystka oznajmiła, że dwukrotnie przeszła aborcję – obie w 1993 r., w odstępie kilku miesięcy, czyli gdy miała 21 lat. "Wiedziałam wtedy, że nie byłam przygotowana do bycia matką, więc wybrałam aborcję. To nie było coś, czego chciałem, ale to było coś, czego potrzebowałem" – wspominała. Była też bardzo przejęta tym, że została wychowana jako katoliczka i nagle popadła konflikt ze swoją wiarą. Dzisiaj Milano jest aktywistką opowiadającą się za legalizacją aborcji.

Szczęście w życiu osobistym Milano znalazła u boku Dave’a Bugliariego, agenta gwiazd, za którego wyszła za mąż w 2009 roku. To z nim doczekała się dwojga dzieci.