Malkovich założył winnicę na swojej farmie w 2008 r. Pierwsze wino wyprodukował w 2011 r. Tym miejscem zajmuje się przede wszystkim żona Malkovicha, Nicoletta, która jego zdaniem, ma do tego lepszą rękę. Na czterech hektarach hodują szczepy pinot noir i cabernet sauvignon. Ich wina – jest ich pięć rodzajów, sprzedawane są pod nazwą Les Quelles de la Coste.

Aktor szczególnie jest dumny z wina, które jest mieszanką 60 proc. cabernet i 40 proc. pinot. "Nasz pierwszy winiarz uznał pomysł połączenia cabernet i pinot noir za wyjątkowy. Stwierdził, że ma duży potencjał sprzedażowy i zasugerował, abyśmy nazywali wino Niebezpieczne związki. I tak zrobiliśmy" - wspomnia pamiętny odtwórca roli wicehrabiego Valmont w ekranizacji powieści Pierre’a Choderlosa de Laclos.

Malkovich wyznał też, że lubi pracować w ogrodzie. Kosić trawę, podlewać krzewy, pielęgnować drzewa. Relaksuje się również w kuchni. Jego specjalnością są ciasta, zwłaszcza marchewkowe. Może więc rozpieszczać słodkościami córkę i syna.

Mało kto wie, że Malkovich jest także projektantem mody męskiej. W 2002 r. założył firmę odzieżową Mrs. Mudd. "To są rzeczy bardzo praktyczne. Takie, które sam noszę, a więc dobrze skrojone garnitury z porządnych, niegniotących się materiałów, bawełniane koszule, kamizelki, płaszcze" – twierdzi aktor, dodając, że nie przepada za modą w stylu czapeczka z daszkiem, adidasy i dres. Uważa, że aktor jako osoba publiczna zawsze powinien dobrze wyglądać, nawet poza planem.

Teraz Malkovicha możemy oglądać w serialu HBO "Nowy papież". Aktor przywdział szaty papieża Jana Pawła III, który zastępuje Piusa XIII (Jude Law), gdy ten zapada w śpiączkę.