Dokładna data urodzin Jonathana nie jest znana, ale wiadomo, że był już w pełni dorosłym żółwiem olbrzymim, gdy w 1882 roku przyjechał na Św. Helenę z Seszeli jako podarunek dla ówczesnego gubernatora.

Szacuje się, dość ostrożnie, że miał wtedy 50 lat, czyli że wykluł się z jaja w 1832 roku. Te szacunki oparte są na zrobionych w latach 1882-1886 zdjęciach przedstawiających Jonathana skubiącego trawę przed Plantation House, czyli rezydencją gubernatorów Wyspy Świętej Heleny. Zgodzili się z tym nawet jurorzy Księgi Rekordów Guinnessa, którzy trzy lata temu uznali go za najstarsze znane żyjące zwierzę lądowe.

Problem z datą urodzin rozwiązał obecny gubernator Nigel Phillips. Ustalił on oficjalnie, że Jonathan przyszedł na świat 4 grudnia 1832 roku i jednocześnie wyznaczył termin imprezy urodzinowej najsłynniejszego mieszkańca Wyspy Świętej Heleny na 4 grudnia tego roku, tak by zbiegła się z popularnym jarmarkiem bożonarodzeniowym w Plantation House.

Jonathan dostał tort owocowo-warzywny złożony z jego ulubionych smakołyków - kapusty, ogórków, marchewki, jabłek, bananów i sałaty. Odwiedziny gości też go ucieszyły, bo - jak zapewniają jego opiekunowie - uwielbia towarzystwo ludzi. Ci muszą jednak przestrzegać bardzo rygorystycznych zasad - nie można robić niczego, co mogłoby wywołać u niego nadmierny stres. Nie ma więc mowy, aby, jak to się kiedyś zdarzało, dzieci pozowały do zdjęć, stojąc na grzbiecie Jonathana.

Podczas imprezy urządzono specjalne stoisko poświęcone Jonathanowi, gdzie goście mogli obejrzeć film animowany przedstawiający historię jego życia i prace zwycięzców konkursu plastycznego na cześć jubilata. Były też oczywiście związane z Jonathanem pamiątki, który z biegiem lat stał się jednym z symboli Wyspy Świętej Heleny. Jego wizerunek zdobi rewers monety 5-pensowej i znaczek pocztowy. Jonathan spotykał się też z wieloma znakomitymi gośćmi. W 1947 roku odwiedziła go, jeszcze jako księżniczka, królowa Elżbieta II.